Le Pays Basque est riche en formations géologiques emblématiques de ses massifs montagneux, telles que falaises et grottes, qui abritent une grande diversité d’espèces animales. Les milieux humides et les nombreux cours d’eau qui façonnent le territoire donnent également refuge à des espèces protégées, qui font partie du patrimoine commun.

LES MAMMIFÈRES

Les cavités et les grottes dans le paysage du Pays Basque constituent des écosystèmes favorables à la présence de nombreuses espèces de chauve-souris. Ainsi, le Pays Basque accueille 25 espèces de chiroptères sur les 34 connues en France métropolitaine. Par exemple, les grottes de Sare accueillent l’une des plus importantes colonies de chauve-souris de la région. Si on a de la chance on peut y croiser le Rhinolophe euryale (Rhinolophus euryale), le Grand rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum), le Petit rhinolophe (Rhinolophus hipposideros) ou encore le Minioptère de Schreibers (Miniopterus schreibersii).

En revanche, dans les zones humides et autour des cours d’eau, sur les berges de La Nive par exemple, a récemment fait son retour le Vison d'Europe (Mustela lutreola), considéré comme disparu depuis ces quinze dernières années. Mais un autre petit mammifère remarquable pourrait fréquenter les torrents de montagne du Pays Basque, bien que sa présence reste a confirmer : le Desman des Pyrénées (Galemys pyrenaicus). Ce petit insectivore à l’aspect singulier (on l’appelle rat trompette à cause de son museau allongé), suscite beaucoup de curiosité parmi les amoureux de la nature et d’intérêt auprès des scientifique du fait de ses habitudes de vie mystérieuses.

LES OISEAUX

Situé sur la route migratoire de nombreux oiseaux, le Pays Basque offre d’importants sites pour l’observation du passage des hirondelles, des palombes, des gypaètes, des milans royaux ou noirs et des cigognes. Le col de Lizarrieta et le col d’Organbidexka, par exemple, accueillent chaque année les experts de la LPO ainsi que de simples passionnés d’observation ornithologique. Ces lieux de tourisme vert sont donc également des sites d’étude et de conservation d’espèces menacées.

D’autre part, la montagne basque, caractérisée par son activité ancestrale de pastoralisme, est un milieu idéal pour les rapaces, animaux emblématiques du territoire. On peut y admirer des espèces phares telle le Gypaète barbu, le Vautour percnoptère, l’Aigle royal et le Milan royal.

Enfin, les côtes sont fréquentées par une avifaune marine typique des littoraux. Il n’est pas rare observer le majestueux Grand cormoran ou le Cormoran huppé survolant les rochers de Biarritz ou d’Hendaye.

LES POISSONS

Les cours d’eau et les petits torrents du Pays Basque représentent des axes majeurs pour la migration des poissons effectuant des passages de l'eau salée à l’eau douce et vice-versa (espèces amphihalines). L’Anguille européenne, l’Alose feinte, le Saumon atlantique ou encore la Truite de mer sont des espèces typiques et justifient de l’intérêt piscicole des cours d’eau basques.

LES INSECTES

Habitants discrets des forêts et plus précisément des massifs de hêtraies-chênaies de la montagne, les nombreux invertébrés du Pays Basque représentent une richesse en termes de biodiversité et de services qu’ils rendent à l’environnement (et par conséquence à l’être humain).

Les larves des coléoptères saproxylophages, par exemple, se développent au niveau des racines ou au sein d’arbres dépérissant ou morts. En consommant le bois, elles contribuent à recycler la forêt. Peu connues, ces espèces font l’objet d’études et d'actions de conservation, d’autant plus que certaines sont des espèces parapluie : en les protégeant, on protège de fait les autres espèces qui en dépendent.