Ces territoires, arrachés à la forêt par le dur travail des agriculteurs et des pasteurs, abritent des espèces animales et végétales typiques très intéressantes. Cependant, prairies et landes doivent être entretenues pour que la végétation ne retourne pas à son état naturel de forêt. En effet, la grande majorité de ces espaces est maintenue en l'état par l’activité agricole et le pastoralisme. Si les herbivores sauvages jouent leur rôle, on doit l’entretien surtout au travail humain, tel que le pâturage et l’écobuage (préparation du sol par le feu).
LES LANDES
Territoires peu fertiles à cause du sol acide et de la richesse en éléments minéraux, les landes sont majoritairement utilisées pour le pâturage extensif et le fauchage de la végétation pour la litière du bétail. On les trouve dans la basse montagne et dans le piémont pyrénéen. Il en existe 4 catégories, distinguées par leur végétation principale :
- Landes à ajoncs
- Landes humides (tourbeuses ou para-tourbeuses)
- Landes sèches
- Landes à genêt d’Espagne
LES PRAIRIES
Comme les landes, les prairies sont étroitement liées à l’agropastoralisme.
Certaines prairies, situées généralement dans les plaines formées par le dépôt d'alluvions, sont des zones humides traversées par des cours d’eau. Leur végétation typique est principalement constituée de joncs et de laiches, mais on peut également y trouver des espèces rares d’intérêt patrimonial, comme l’Orchis à fleurs lâches (Anacamptis laxiflora).
Il existe aussi des prairies peu humides, ou prairie de fauche, caractérisées par le Lin bisannuel (Linum usitatissimum subsp. angustifolium), l’Œnanthe faux-boucage (Oenanthe pimpinelloides) et plusieurs espèces de centaurées. Ces habitats donnent refuge à des petites rongeurs tel le Campagnol de Gerbe (Microtus gerbei) ou le Campagnol basque (Microtus lusitanicus).
LES PELOUSES
Dans les secteurs de montagne, où les troupeaux pâturent lors de l'estive, se trouvent plusieurs types de pelouses, différentes selon l’altitude, le climat et la géologie des lieux.
Bon nombre de ces pelouses sont connues au sein des sites Natura 2000 du territoire et présentent un intérêt patrimonial à l’échelle européenne. En effet, ces zones abritent des espèces protégées. La Fétuque de Gascogne (Festuca vasconensis) et le Grémil prostré (Glandora prostrata), par exemple, sont des espèces quasi-menacées sur la liste rouge régionale. Mais au sein des pelouses basques on trouve bien d’autres espèces d’intérêt, comme la Gentiane pneumonanthe (Gentiana pneumonanthe) et plusieurs espèces d’orchidée.
LES FRICHES HUMIDES
Entre les forêts et les milieux ouverts façonnés par l'activité humaine (prairies, landes, pelouses), se trouvent les friches humides ou « mégaphorbiaies ». Comme leur nom l'indique, ce sont des zones riches en eau favorisant la présence d’une végétation luxuriante. En l’absence de pâturage et de fauche, se développent des plantes de grande taille, surtout lorsque l’on monte en altitude. Au milieu de la Berce des Pyrénées (Heracleum pyrenaicum), de la Valériane des Pyrénées (Valeriana pyrenaica) ou des merveilleux Aconits (plantes du genre Aconitum), on peut apercevoir le Rat des moissons (Micromys minutus) avec son pelage fauve.
Le littoral, qui s’étend sur presque 40 km, est caractérisé par une alternance de plages et de falaises. Les falaises représentent 85% du linéaire, et contribuent fortement à l’image de la côte basque.
Ce découpage présente une mosaïque d’habitats d’intérêt communautaire qui montre une grande variabilité liée à la géologie, la géomorphologie, au substrat, au degré d’exposition. Ainsi en fonction de l’éloignement de la mer se succèdent pelouses aérohalines, landes maritimes à Marguerite à feuilles charnues ou encore landes mésohygrophiles à Ajonc de Le Gall et Bruyère ciliée. Il n’est pas rare de trouver, parmi ces habitats, des associations végétales uniques et spécifiques à la côte basque, leur conférant une forte valeur patrimoniale.