Les récifs du Pays Basque, et les habitats marins associés, abritent une importante biodiversité en raison des conditions géographiques et environnementales particulières, comme par exemple la présence d’eaux chaudes accumulées au fond du golfe de Gascogne. Ces conditions thermiques, couplées aux houles parmi les plus énergétiques du territoire, contribuent à l’originalité faunistique et floristique locale.
La côte basque a l’aspect typique de la façade atlantique, cependant elle se distingue de la côte bretonne par la spécificité de sa flore et sa faune.
Les plages sous les falaises sont souvent constituées de galets issus de l’érosion et régulièrement remaniés par les fortes houles. Ici la végétation marine n’arrive pas à pousser.
En revanche, les strates rocheuses visibles à marée basse (platiers infralittoraux) sont colonisées par des algues vertes, brunes et rouges. On peut y trouver notamment des Cystoseires, algues brunes du genre Cystoseira, et des algues rouges du genre Gelidium. Cette biodiversité algale attire la présence de brouteurs tels que les oursins.
À la surface de l’eau, sur les rochers affleurant d’Hendaye et de Biarritz, on peut observer de nombreuses espèces d’oiseaux marins, comme le Martinet pâle, le Cormoran huppé ou l’Océanite tempête, espèces à forte valeur patrimoniale.
La partie immergée de la côte basque présente une diversité de canyons sous-marins. Leurs flancs, plus ou moins abrupts, constituent une zone de colonisation privilégiée pour la faune fixée car les sédiments ne peuvent pas s’y déposer. Ainsi, à l’abri de la lumière, les grottes marines cachent des éponges colorées, des coraux solitaires et bien d’autres invertébrés remarquables.
Enfin, la zone océanique au fond du Golfe de Gascogne abrite également de nombreuses espèces de mammifères et d’oiseaux marins. Au large de la corniche basque, en effet, il n’est pas rare de croiser le Grand dauphin ou, avec un peu de chance, un Rorqual commun.
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