Parmi la grande variété de paysages qu'offre le Pays Basque, on peut admirer les reliefs karstiques. Ici l’eau a façonné les roches calcaires en formant des gouffres, des grottes, des dolines, des falaises et des ravins. Ces formations géologiques abritent des milieux naturels riches d’une flore et d’une faune caractéristiques.
LES GROTTES
Dans les grottes des Arbailles et en général de la Soule, par exemple, vivent de nombreuses espèces cavernicoles. Les plus emblématiques sont sans doute les chiroptères, c’est-à-dire les chauves-souris. Les grottes de Sare et le gouffre de Bexanka accueillent plusieurs communautés de chauves-souris, dont certaines appartiennent à deux espèces typiques du Pays basque : le Rhinolophe euryale (Rhinolophus euryale) et le Minioptère de Schreibers (Miniopterus schreibersii).
Mais dans la préhistoire, plusieurs grottes du Pays Basque tels que les grottes d'Isturitz et d'Oxocelhaya, ont été également occupées par des populations humaines anciennes, comme le témoignent les décorations pariétales et les objets retrouvés.
LES FALAISES
Au sein des imposantes falaises rocheuses de la montagne basque, le Vautour fauve (Gyps fulvus) et le Gypaète barbu (Gypaetus barbatus) trouvent des conditions de vie idéales. En effet, l’environnement rocheux est fondamental pour leurs comportements particuliers et habitudes alimentaires. Ces rapaces vivent en colonies sur les hauteurs des falaises et effectuent un vol plané qui exploite les courants d’air pour chercher leurs proies, essentiellement des charognes d’animaux. Ils se nourrissent principalement d’os, qu’ils laissent tomber sur les roches afin de les réduire en fragments. Parfois ces oiseaux cachent des résidus de leur repas dans les anfractuosités des falaises, dans le but de les retrouver plus tard.
LES RAVINS
D’autre part, les cours d’eaux torrentiels qui se trouvent au fond des ravins créent des conditions climatiques - d’humidité, de température ou de lumière - singulières. Des espèces rares comme les fougères Trichomanès remarquable (Vandeboschia speciosa) et l’Hymenophyllum de Tunbridge (Hymenophyllum tunbringense) ou endémiques, comme la soldanelle velue (Soldanella villosa), y sont parfaitement adaptées.
Le territoire de la montagne du Pays Basque présente un patrimoine écologique remarquable reposant sur des conditions biogéographiques singulières liées à son contexte montagnard et résultant de l’action de l’homme. La montagne basque se caractérise par une mosaïque de milieux, souvent imbriqués et abritant une diversité biologique forte.
Ainsi, on peut observer sur la montagne, les quatre grandes catégories de milieux naturels décrits à l’échelle du Pays Basque que sont : les milieux aquatiques et humides, les milieux rupestres, les milieux de types forestiers et enfin les milieux ouverts ou semi-ouverts. Ces derniers représentent les espaces dominants de la montagne basque. Ils sont souvent dédiés à l’élevage. Cette variété de milieux est naturellement propice à une importante diversité d’espèces floristiques et faunistiques fortement patrimoniales mais aussi plus ordinaires. Le taux d’endémisme y est élevé – Grenouille des Pyrénées, Calotriton, Clausilie basque, Desman des Pyrénées, Vipère de Séoane, Ephippigère gasconne, Campagnol vasuqe, etc…)
Par ailleurs, le territoire de la montagne basque représente un enjeu majeur au niveau Européen pour la migration de nombreuses espèces d’oiseaux. Ainsi, il abrite plusieurs cols constituant des voies de migration parmi les plus remarquables de la chaîne des Pyrénées : les cols de Lizarrieta et de Lindux ou encore l’un des trois plus importants sites de migration postnuptiale d’Europe occidentale, le col d’Orgambidexka.